Fan Noli lindi më 6 janar 1882 në İbriktepe (turqisht për Qytezë), një fshat shqiptar në Trakë, jo shumë larg nga Edreneja. I ati i tij, Stiliani, ndonëse trashëgoi tokë si pronë, nuk u mor me bujqësi, por shërbeu si psalt në kishën e fshatit. E ëma, Maria, ishte shtëpiake. Shkollën fillore dhe të mesme i kreu në gjuhën greke në Heybeliada, Stamboll. Në vitin 1900 shkoi në Greqi me qëllim që të nxirrte jetesën dhe të ndiqte fakultetin e filozofisë. Në Athinë u lidh me një shoqëri belge, e cila zotëronte tramvajet me kuaj. Më 1903 shkoi në Egjipt, ku filloi punë si mësues i greqishtes për dy vjet (mars 1903-mars 1905), kohë kur përkthen në greqisht veprën e Sami Frashërit "Shqipëria ç’ka qenë, ç’është e ç’do të bëhet" që u botua në shtypshkronjën shqipe në Sofje. Në korrik-gusht të 1903-shit, ai nisi të botojë të parat skica letrare në revistën “Numas”.

Në prill 1906, me një biletë avulloreje të klasit të dytë, paguar nga bashkatdhetari që kishte njohur në Egjipt Spiro Dine, Fan Noli u nis për në Botën e Re, duke kaluar nga Napoli, dhe mbërriti në Nju Jork më 10 maj. Për njohuritë e tij gjuhësore do dërgohej në një mision rus në Amerikë. Pasi ndenji tre muaj në Buffalo, ku punoi në një kombinat lënde drusore, Noli shkoi në Boston. Atje, botuesi Sotir Peci i dha një punë si zëvendës-redaktor i gazetës së Bostonit “Kombi”, ku punoi deri në maj 1907 dhe ku botoi artikuj me pseudonimin Ali Baba Qyteza. Me nismën e vet Noli thirri një mbledhje të shqiptarëve ortodoksë nga mbarë Nju Englandi, ku delegatët vendosën të themelojnë Kishën Ortodokse Autoqefale (autonome) Shqiptare, me Nolin si klerikun e saj të parë.

Më 9 shkurt 1908, në moshën njëzetegjashtëvjeçare, Fan Noli u bë diakon (dhjak) në Bruklin, kurse më 8 mars 1908 Platoni, kryepeshkopi ortodoks rus i Nju Jorkut, e shuguroi si prift ortodoks. Vetëm dy javë më vonë, më 22 mars 1908, Noli i ri krenar mbajti për herë të parë liturgji në gjuhën shqipe, në 'Knights of Honor Hall' në Boston. Ky ishte hapi i parë drejt organizimit dhe njohjes zyrtare të Kishës Ortodokse Autoqefale Shqiptare.

Nga shkurti 1909 deri në korrik 1911 Noli botoi gazetën “Dielli”, zëdhënëse e bashkësisë shqiptare të Bostonit. Më 10 gusht 1911 ai u nis për në Evropë, ku ndenji katër muaj dhe kreu shërbesa kishtare në gjuhën shqipe për kolonitë në Kishinjov, Odesë, Bukuresht dhe Sofje.

Më 28 prill 1912, bashkë me Faik bej Konicën është ndër themeluesit kryesor të shoqatës pan-shqiptare Vatra (në fillim më 6 janar 1907 shoqatën "Besa-Besë" me sekretar Kol Tromarën, që u shkri me Vatrën) bashkë me organin e saj të shtypit "Dielli" i Bostonit, gjithashtu dhe "Shkopi" i Kairos që lëvizën kundër një artikulli të Mit'hat Frashërit në shtypin e Selanikut. Nga viti 1908 deri më 1912 kryen studimet e larta për arte në Universitetin e Harvardit, të cilat i përfundon me cum laude në Bachelor of Arts. Pas shpalljes së Pavarësisë, Noli përkrahu qeverinë e kryesuar nga Ismail Qemali. Në marsin e vitit 1913 ai mori pjesë, në Kongresin Shqiptar të Triestes, i organizuar nga shoku dhe rivali i tij Faik bej Konica.

Në korrik 1913 Fan Noli shkoi për herë të parë në Shqipëri ku mbajti shërbesën e parë kishtare ortodokse në gjuhën shqipe në vend, më 10 mars 1914, në prani të princit Vilhelm zu Vid, i cili kishte mbërritur në Durrës vetëm tri ditë më parë me një anije austro-hungareze. Në gusht 1914 Noli qëndroi për një farë kohe në Vjenë, por me afrimin e reve të zeza të luftës, u kthye në Shtetet e Bashkuara në maj 1915. Nga 21 dhjetori 1915 deri më 6 korrik 1916, u bë përsëri kryeredaktor i “Diellit” të Bostonit, tashmë gazetë e përditshme. Në korrik 1917 u bë edhe një herë kryetar i Federatës Vatra. Në shtator të vitit 1918 Noli themeloi të përmuajshmen në anglishte The Adriatic Revieë (Revista e Adriatikut), që financohej nga Federata për të përhapur informacion për Shqipërinë dhe për kauzën e saj. Gjashtë muajt e parë revista u botua nga Noli, ndërsa më 1919, këtë detyrë e mori në dorë Kostandin Çekrezi.

Më 24 mars 1918, Noli u caktua administrator i Kishës Ortodokse Shqiptare në Shtetet e Bashkuara dhe në fillim të korrikut të atij viti mori pjesë në një konferencë për popujt e shtypur në Mount Vernon, Virxhinia, ku u takua me presidentin Udrou Uillson, përkrahës i të drejtave të pakicave në Evropë. Më 27 korrik 1919 Noli u emërua peshkop i Kishës Ortodokse Shqiptare në Amerikë, që tashmë ishte dioqezë e pavarur. Një vit më pas, duke pasur parasysh rritjen e figurës së Nolit si udhëheqës politik e fetar i bashkësisë shqiptare dhe si shkrimtar, orator dhe komentator politik i talentuar, ishte e logjikshme që ai të zgjidhej kryetar i delegacionit shqiptar në Lidhjen e Kombeve në Gjenevë, ku arriti ta anëtarësonte Shqipërinë më 17 dhjetor 1920. Gazeta The Manchester Guardian, në një koment më 23 korrik 1924, e përshkruante Nolin si një burrë që do të kishte qenë i shquar në çdo vend. Diplomat i përkryer, ekspert i politikës ndërkombëtare, mjeshtër i debatit, që prej fillimit ai la mbresa të thella në Gjenevë. Me shumë mjeshtëri, por gjithmonë me buzë në gaz, ai i vuri me shpatulla pas murit të gjithë kundërshtarët e tij ballkanas. Ai është një njeri me kulturë të pamasë, që ka lexuar çdo gjë që ia vlen të lexohet në anglishte dhe frëngjishte. Pas revolucionit të qershorit 1924, zgjidhet për 6 muaj kryeministër, por nuk arriti të përballojë reformat dhe në fillim-dimri bie nga pushteti.

Në nëntor 1927 vizitoi Rusinë si delegat i Ballkanit në Kongresin ‘Miqtë e Bashkimit Sovjetik’ me rastin e dhjetëvjetorit të Revolucionit të Tetorit, dhe më 1930, pasi mori një vizë gjashtëmujore, u kthye në Shtetet e Bashkuara. Me kthimin e tij në Boston, Noli themeloi të përjavshmen “Republika”, vetë emri i së cilës i bënte sfidë të hapur Ahmet Zogut, i cili më 1 shtator 1928 u vetëshpall Zogu I, Mbreti i Shqiptarëve. “Republika” u botua edhe si opozitë ndaj “Diellit”, tashmë nën drejtimin e Faik Konicës, i cili ishte pajtuar me mbretin Zog dhe ishte bërë ministër i plotfuqishëm i Shqipërisë në Uashington. Me mbarimin e afatit të vizës, gjashtë muaj më vonë, Noli u detyrua të kthehet në Evropë dhe “Republika” mbeti nën drejtimin e Anastas Tashkos, deri sa u mbyll më 1932. Më 1932, me ndihmën e pasuesve të tij, mundi të kthehej nga Gjermania në Shtetet e Bashkuara, ku fitoi edhe lejen për qëndrim të përhershëm. Noli u tërhoq nga jeta politike dhe nga ky moment iu kushtua përsëri detyrave si drejtues i Kishës Ortodokse Autoqefale Shqiptare. Në dhjetor 1933 u sëmur rëndë dhe nuk ishte në gjendje t’i përballonte shpenzimet e trajtimit mjekësor për të cilin kishte aq shumë nevojë, deri sa mori si dhuratë 3000 franga ari nga Shqipëria, me ndërhyrjen e Faik Konicës tek Ahmet Zogu. Ky gjest arriti pikërisht qëllimin për të cilin ishte nisur: një farë pajtimi midis Nolit dhe Zogut, si dhe një përmirësim të marrëdhënieve shpesh të acaruara të Nolit me Faik Konicën. Në vitin 1935 Noli iu kthye njërit prej pasioneve të tij të hershme – muzikës – dhe në moshën pesëdhjetetrevjeçare u regjistrua në Konservatorin e Muzikës të Nju England, në Boston, nga i cili u diplomua më 1938.

Më 12 prill 1937, Nolit iu plotësua ëndrra e madhe për një kishë kombëtare shqiptare kur Patrikana e Stambollit njohu zyrtarisht Kishën Ortodokse Autoqefale Shqiptare.

Noli nuk u mjaftua vetëm me detyrat kishtare dhe filloi studimet pasuniversitare në Universitetin e Bostonit, ku mori doktoratën më 1945 me një disertacion për Skënderbeun. Në vitet e para pas Luftës së Dytë Botërore, Noli pati marrëdhënie pak a shumë të mira me regjimin e ri komunist në Tiranë dhe ushtroi ndikimin e vet për ta bindur qeverinë amerikane që ta njihte atë.

Më 1953, në moshën shtatëdhjetë e një vjeç, Fan Nolit iu dhurua shuma prej 20 000 dollarësh nga Federata Vatra, me të cilën bleu një shtëpi, në Fort Lauderdale Florida, ku vdiq më 13 mars 1965. Fan Noli është varrosur në Forrest Hill Cemetery, të Bostonit.[3] Kisha Autoqefale që kishte krijuar u bë më vonë Kryedioqeza ortodokse shqiptare në Amerikë e Kishës ortodokse në Amerikë.

Ndonëse vetë nuk shkroi shumë në lëmë të letërsisë, ka hyrë në panteonin e letrave shqipe me këto vepra:

Album - vëllim vjershash - 1948

Historia e Skënderbeut - 1921

Autobiografia - 1960

Izraelitë e Filistinë - dramë

Bethoveni dhe Revolucioni Francez