Emri i tij i vërtetë është Andon Çako, nuk dihet për ç'arsye ai përdori edhe formën Zako. Emri letrar Çajupi është emri i një mali të vendlindjes, mallin dhe kujtimin e së cilës e nguliti dhe e përjetësoi në pseudonimin e tij.

Lindi në Sheper të Zagorisë më 27 mars 1866. Mësimet e para i mori në vendlindje ku kreu dhe një shkollë gjysëm të mesme greke. Po shkolla më e madhe e vendlindjes ishte shkolla e fshatarit, e njohjes së jetës dhe të shpirtit të popullit, të gëzimeve dhe të brengave të bashkëfshatarëve të tij. Rol të madh në formimin e tij ka luajtur sidomos gjyshi nga e ëma, i cili e futi në botën magjepëse të përrallave, të legjendave e të këngëve popullore, prej së cilës poeti i ardhshëm nuk do të ndahej më kurrë.

I ati i Çajupit, Harito Çakua, ishte kurbetçi në Misir, ku qe aktivizuar në lëvizjen atdhetare. Ai e tërhoqi të birin nga fshati për të vazhduar studimet. Andoni ishte vetëm 15 vjeç, kur la shoqërinë për të ndjekurnjë kolegj francez në Aleksandri, duke marrë me vete mallin e së ëmës Zoicës, dhe të gurëve e maleve të Zagorisë.

Në kolegj mori një kulturë të mirë dhe u dallua ndër të parët midis shumë nxënësve të kësaj shkolle që vinin nga vende të ndryshme të Mesdheut. Me këtë kulturë ai i kishte të hapura dyert e universitetit, të cilin e ndoqi në vitet 1887-1893 në Gjenevë, ku studjoi për drejtësi. Këtu u njoh me një vajzë vendase Evgjeninë, e cila e bëri të lumtur po dhe fatkeq, sepse i vdiq pas një vit martese, duke lënë jetim të birin e porsalindur, Stefanin. Kjo humbje e tronidi thellë poetin dhe i la vragë të thellë.

Ajo u bë shkak që, pas dhjetë vjetësh, të shkruante elegjinë "Vaje", një nga elegjitë më të bukura dhe më prekëse të poezisë sonë.

Më 1883 me dokumentin e drejtësisë në xhep dhe me djalin në krahë u kthye në Misir dhe u vendos në Kajro, ku nisi të ushtronte profesionin e avokatit. Po prej këtij profesioni hoqi dorë shpejt. Shkak u bë një konflikt me autoritetet e vendit gjatë një proçesi gjyqësor ku avokati i ri mbrojti të drejtën dhe nuk u lëshoi pe pushtetmbajtësve. Jetoi me pasurinë që i kishte lënë i ati, dhe iu kushtua tërësisht çështjes atdhetare dhe krijimtarisë letrare.

Çajupi gjeti në Misir një lëvizje patriotike të zhvilluar. Shqiptarët e ngulimeve të Egjiptit kishin organizuar një shoqëri atdhetare e kulturore dhe mbanin lidhje sidomos me "Shoqërinë e Stambollit". Por këtë lëvizje u munduan ta kthenin në anën e tyre disa rrethe grekomanësh, të cilët intrigoni kundër patriotëve të vërtetë dhe kundër Çajupit.

Ai u bë shpirti dhe figura më e njohur e kolonisë patriotike të Misirit, Çajupi mbrojti interesat e shqipërisë dhe të popullit shqiptar, demaskoi synimet e xhonturqve, të grekomanëve dhe të gjithë armiqve të tjerë të çështjes së kombëtare.

Emri i tij nisi të njihej në rrethet e atdhetarëve që në fund të shekullit, kur botoi më 1898 artikullin e gjatë "Duke kërkuar një alfabet", në të cilin spikat shqetësimi i tij për unitetin e lëvizjes kombëtare dhe kulturore, për shkrimin dhe lëvrimin e gjuhës amtare përmes një alfabeti të njësuar.

Por vepra që e bëri të njohur në mbarë botën shqiptare ishte përmbledhja poetike "Baba Tomorri" (1902) ku përfshiu komedinë "katërmbëdhjetë vjeç dhëndërr". Me këtë vepër ai u bë poeti më i njohur pas Naimit, figura që zuri vendin që mbeti bosh pas humbjes së poetit kombëtar më 1900.

Vjershat patriotike dhe luftarake të "Baba Tomorrit" frymëzuan çetat e lirisë dhe kryengritjet e mëdha që i sollën pavarësinë Shqipërisë më 1912. Këtë ngjarje poeti e priti me gëzim, u duk se iu hap udha për t'u kthyer në mëmëdhè, por, Lufta e Parë Botërore dhe trazirat e mëvonshme e shtynë larg këtë shpresë. Megjithatë ai i ndiqte nga afër ngjarjet në Shqipëri, duke mbetur gjithmonë në krah të forcave përparimtare e demokratike.

Më 1919 Çajupi ishte në ballë të përpjekjeve të shqiptarëve të Misirit, për të mbrojtur të drejtat e popullit shqiptar në Konferencën e Paqes që mblidhej në Paris. Ai dënoi qeverinë e Durrësit, që ishte vegël e fuqive imperialiste, ashtu siç dënoi përpjekjet e feudalëve tradhëtarë për ta bërë Shqipërinë çiflik të tyre e për ta nxjerrë në ankand sipas interesit. Me këto qëndrime ai thelloi demokratizimin në lëvizjen mendore dhe në letërsinë shqiptare. Kjo u shpreh në frymën antifeudale të veprës së tijdhe në vendin që ai u dha problemeve shoqërore në krijimtarinë e tij letrare e publiçistike. Në këto vite Çajupi , si shumë atdhetarë të tjerë, përjetoi krizën e idealeve të bukura të Rilindjes.

Në krye të punëve në Shqipërinë e pavarur, në vend të atdhetarëve të ndershëm po vinin njerëz që i binin pas interesit të tyre, pa menduar për fatet e kombit. "Në Shqipëri, -shkruan ai më 1922- një turkoman, një grekoman, një sllavoman, një intrigant, një tradhëtar, takon të bëhet … regjent, ministër, prefekt, faqe me nder dhe mbret".

Çajupi ishte për demokracinë dhe qytetërimin, prandaj e përshëndeti Revolucionin Demokratiko-Borgjez të Qershorit të vitit 1924, frytet e të cilit nuk arriti t'i gëzonte populli shqiptar. Demokracia e pati jetën e shkurtër dhe, në vend të saj, u rikthye pushteti i feudalëve me ardhjen e A.Zogut në fuqi.

Kur u mor vesh se ky do ta shpallte veten mbret, Çajupi që ishte në krye të "Shoqërisë së miqve", të themeluar në Kajro, i drejtoi Qeverisë së Tiranës një protestë, midis të tjerave thuhej se koha e mbretërve shkoi, "kurse edhe ata që i kanë, po vështrojnë t'i përzënë".

Ky qëndrim i vendosur antimonarkist ia mbylli përfundimisht poetit rrugën për t'u kthyer në Shqipëri, që të tretej në "baltën më të ëmbël se mjalta" të mëmëdheut. Vdiq në Kajro më 11 korrik 1930. Shtypi zyrtar në Shqipëri e kaloi vdekjen e tij pothuajse në heshtje.

La në dorëshkrim pjesën më të madhe të veprave të tij, poemën "Baba Musa lakuriq", një parodi e biblës, tragjedinë "Burri i dheut", që u botua pas vdekjes më 1935, komedinë "Pas vdekjes" që u botua më 1937, përmbledhjen poetike "Këngë e vome", fati i së cilës nuk dihet. Me gjallje, përveç "Baba Tomorrit" botoi Përrallat e La Fontenit (1921) përshtatur prej tij nga frengjishtja dhe "Lulet e Hindit" (1922), një tufë vjershash të letërsisë sanskrishte, nga artikujt e paktë që botoi në shtypin e kohës duhet përmendur pamfleti "Klubi i Selanikut" (1909), një nga kulmet e publiçistikës së Rilindjes.

Në këtë pamflet Çajupi demaskoi demagogët e xhonturqve dhe të veglave të tyre, që kishin hyrë në lëvizjen kombëtare për interesat e ngushta të kastës së bejlerëve turkoshakë e fanatikë, të zellshëm për t'i zgjatur jetën të "sëmurit të Bosforit", perandorisë së kalbur të sulltanëve osmanë.